กลไกการซื้อขายตราสารอนุพันธ์ เป็นการทำสัญญาเพื่อซื้อขายแลกเปลี่ยนสินค้าอ้างอิงในอนาคต ซึ่งมีความแตกต่างจากการซื้อสินค้าหรือบริการโดยทั่วไป ซึ่งมีการซื้อขายที่มีการชำระเงินและส่งมอบสินค้าและบริการทันทีโดยการซื้อขายนั้นต้องผ่านระบบตลาดอนุพันธ์ การซื้อขายตราสารอนุพันธ์โดยผ่านระบบตลาดอนุพันธ์นั้นสามารถแบ่งตลาดที่ว่าออกได้เป็น 2 รูปแบบคือ
รูปแบบที่หนึ่ง การซื้อขายผ่านระบบตลาดทางการ (Organized Exchange) การซื้อขายตราสารอนุพันธ์ในระบบตลาดทางการจะมีกรรมวิธีการซื้อขายคล้ายกับการซื้อหุ้นในตลาดหลักทรัพย์คือ ตลาดทางการซึ่งเป็นตลาดที่มีการซื้อและขายหลักทรัพย์หรือตราสารอนุพันธ์อย่างเปิดเผย มีการกำหนดราคา และช่วงของการขึ้นลงราคาอย่างชัดเจน ข้อมูลข่าวสารของผู้ลงทุนจะได้รับอย่างทั่วถึงและเท่าเทียมกัน มีการเปิดเผยราคาหลักทรัพย์และราคาอนุพันธ์ให้ประชาชนผู้ลงทุนทราบ เช่น การถ่ายทอดสดราคาของหลักทรัพย์หรือตราสารอนุพันธ์ทางสถานีโทรทัศน์ หรือบนอินเทอร์เน็ต หรือแม้กระทั่งการตีพิมพ์ราคาของหลักทรัพย์หรือตราสารอนุพันธ์ในหนังสือพิมพ์ เป็นต้น และการลงทุนในตราสารอนุพันธ์ผ่านระบบของตลาดอนุพันธ์ทางการ ผู้ลงทุนทั้งฝ่ายซื้อและฝ่ายขายจะต้องถูกเรียกเงินประกัน
การซื้อขายตราสารอนุพันธ์ในระบบตลาดทางการ จะมีการการซื้อขายแบบ Electronic หรือ Open Outcry ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับว่าตลาดจะเปิดให้มีการซื้อขายแบบใด แต่ส่วนใหญ่แล้วตลาดอนุพันธ์จะนิยมใช้ระบบ Open Outcry เป็นระบบในการต่อรองราคาซื้อขายตราสารอนุพันธ์ โดยที่ระบบนี้จะเป็นการเปิดให้ Broker และ ผู้ค้าตราสารอนุพันธ์รายใหญ่ สามารถเข้ามาทำการซื้อและขายตราสารอนุพันธ์ ซึ่งสามารถทำการซื้อขายใน Floor ได้ การซื้อการขายจะกระทำที่ Pitch ของสินค้าประเภทต่าง ๆ โดยมีการส่งสัญญาณมือเป็นการต่อรองราคา ทั้งนี้ในตลาดจะมีระบบทำการบันทึกภาพวิดีโอ เพื่อเป็นหลักฐานในการตกลงในสัญญาต่าง ๆ และเมื่อทำการซื้อขายเสร็จสิ้นจึงจะมีการจดทะเบียนยอดซื้อขายกัน การซื้อขายในระบบ Open Outcry นี้มีโอกาสในการผิดพลาดได้ง่ายกว่าระบบ Electronic มาก
รูปแบบที่สอง การซื้อขายผ่านตลาดเจรจาต่อรอง (Dealer หรือ Over-The-Counter: OTC) เป็นการซื้อขายตราสารอนุพันธ์ที่เราสามารถเรียกได้ว่าเป็นตลาดไม่เป็นทางการ คือ เป็นการซื้อขายตราสารอนุพันธ์โดยการตกลงกันเองระหว่าง ผู้ลงทุน โดยที่การซื้อขายตราสารอนุพันธ์นั้นจะทำการชำระราคาและส่งมอบกันนอกระบบตลาด คือ ไม่มีการซื้อขายผ่านตลาดทางการ แต่ในต่างประเทศการซื้อขายในระบบ OTC นี้ เป็นการซื้อขายที่มีนักลงทุน และนักเก็งกำไรทำการซื้อขายมากที่สุด เป็นตลาดที่ได้รับความนิยมมาก
นอกจากนี้ระบบของตลาดทางการมีความแตกต่างจากตลาด OTC คือ การซื้อและขายสัญญาล่วงหน้าต่าง ๆ นั้นจะต้องมีการเรียกเงินประกัน เพื่อเป็นการป้องกันไม่ให้นักลงทุนฝ่ายใดฝ่ายหนึ่งเกิดความเสี่ยง เพราะหากไม่มีการเรียกเก็บเงินประกันแล้ว หากนักลงทุนฝ่ายใดเกิดการขาดทุน นักลงทุนฝ่ายนั้นอาจไม่มาชำระราคา หรือไม่มาส่งมอบสินทรัพย์ตามที่ตกลงกันไว้
ความแตกต่างของการซื้อขายตราสารอนุพันธ์ในตลาดทางการและตลาดเจรจาต่อรองมีความแตกต่างกันอยู่หลายประการ เช่น ลักษณะของสัญญา ความเป็นมาตรฐาน การวางเงินประกัน สภาพคล่องของการซื้อขาย ความเสี่ยงจากการลงทุน และการส่งมอบและชำระราคา เป็นต้น
ตลาดทางการเป็นตลาดที่มีสถานที่การทำการซื้อขายแน่นอน มีกระบวนการในการดำเนินงานเป็นไปตามกฎหมาย มีพระราชบัญญัติรองรับในการเปิดดำเนินงาน มีเวลาเปิดเวลาปิดแน่นอน ราคาซื้อขายมีการเสนอซื้อหรือขายอย่างเป็นระบบ มีช่วงห่างของการขึ้นหรือลงของราคา มีการประกาศราคาและข้อมูลในการลงทุนให้ผู้ลงทุนทราบตลอดเวลา ไม่ว่าจะเป็นการประกาศผ่านระบบอินเทอร์เน็ต สถานีโทรทัศน์ วิทยุ หรือแม้กระทั่งหนังสือพิมพ์
ตลาดเจรจาต่อรองเป็นตลาดที่ไม่มีการซื้อขายกันอย่างเป็นระบบ การเจรจาซื้อขายเป็นการต่อรองกันเอง ซึ่งจำนวนสินทรัพย์หรือหลักทรัพย์ที่ตกลงกันในสัญญาจะมีขนาดที่ไม่เท่าเทียมกัน แต่ตลาด OTC เป็นตลาดที่มีความนิยมมากในปัจจุบัน ซึ่งขนาดของตลาด OTC ในหลายประเทศจะมีขนาดที่ใหญ่กว่าตลาดแบบมีระเบียบ และมีแนวโน้มที่จะมีอัตราการเจริญเติบโตสูงมากขึ้น
การซื้อขายในตลาดแบบมีระเบียบนี้ เพื่อให้ผู้ลงทุนลดความสี่ยงจากการผิดนัดชำระเงิน หรือผิดนัดส่งมอบสินทรัพย์ ตลาดจะเป็นผู้ทำหน้าที่ในการเรียกเงินประกันจากทั้งสองฝ่าย เพื่อให้เกิดความแน่ใจว่าผู้ลงทุนหรือผู้เก็งกำไรทั้งสองฝ่ายจะไม่ผิดนัดตามสัญญาในอนาคต และการเรียกเงินประกันนี้จะต้องมีการปรับค่าตามราคาตลาดทุกวัน หากผู้ลงทุนฝ่ายใดเกิดการขาดทุนจากการลงทุน ตลาดจะทำหน้าที่ในการเรียกเก็บเงินประกันเพิ่ม เพื่อเป็นการลดความเสี่ยงให้แก่คู่สัญญา
การซื้อขายในตลาดแบบมีระเบียบจะมีสภาพคล่องที่สูงกว่า เพราะสัญญามีมาตรฐานทำให้เกิดความสะดวกในการซื้อขาย และในการลงทุนในตลาดแบบมีระเบียบ การที่สัญญาเป็นมาตรฐาน จะทำให้ผู้ลงทุนสามารถปิดสถานะของตนเองได้เมื่อต้องการ เพราะจะมีผู้ซื้อหรือขายอีกด้านหนึ่งรออยู่ตลอดเวลา
ลักษณะสุดท้ายของตลาดทางการ คือ การส่งมอบสินทรัพย์ตามสัญญามักไม่มีการเกิดขึ้นจริง แต่ด้วยผู้ลงทุนและผู้เก็งกำไรต้องการผลตอบแทนในรูปแบบของตัวเงิน จึงทำให้การส่งมอบสินทรัพย์ตามสัญญาไม่เกิดขึ้น ดังนั้นการส่งมอบสินทรัพย์ตามสัญญาจึงเป็นเพียงการชำระผลกำไรหรือขาดทุนเท่านั้น